氨氮對生態環境的影響十分巨大，氨氮對水生物起危害作用的主要是游離氨，其毒性比銨鹽大幾十倍，并隨堿性的增強而增大。氨氮毒性與池水的pH值及水溫有密切關系，一般情況，pH值及水溫愈高，毒性愈強，對魚的危害類似于亞硝酸鹽。

氨氮對水生物的危害有急性和慢性之分。

慢性氨氮中毒危害為:

攝食降低，生長減慢，組織損傷，降低氧在組織間的輸送。魚類對水中氨氮比較敏感，當氨氮含量高時會導致魚類死亡。急性氨氮中毒危害為:水生物表現亢奮、在水中喪失平衡、抽搐,嚴重者甚至死亡。測定水中各種形態的氮化合物，有助于評價水體被污染和“自凈"狀況。